개인사업자 vs 법인 — 어떤 형태를 선택해야 하나

형태 선택이 중요한 이유

주문연구기관을 시작할 때 가장 먼저 결정해야 하는 것이 법적 형태입니다. 이 선택은 다음에 영향을 미칩니다.

• 국가연구개발혁신법상 연구개발기관 자격 취득 방법
• 기관부담연구개발비(매칭펀드) 면제 가능 여부
• 대표자 인건비 과제비 계상 가능 여부
• 세금 납부 구조 (종합소득세 vs 법인세)
• 행정 비용 (설립비·회계·4대보험 의무)

선택 가능한 형태 3가지

상법 제170조: 회사는 합명회사, 합자회사, 유한책임회사, 주식회사와 유한회사의 5종으로 한다.

주문연구기관 운영에 실용적인 형태는 다음 3가지입니다.

개인사업자 경로

연구개발기관 자격 취득

개인사업자는 상법상 "회사"가 아니므로 국가연구개발혁신법 제2조③사목에 해당하지 않습니다. 대신 아목 경로(대통령령으로 정하는 기관·단체)를 통해 자격을 취득합니다.

이를 위해 연구산업진흥법 제6조에 따른 전문연구사업자 신고가 필요합니다.

연구산업진흥법 제6조①: 연구사업자 중 이 법에 따른 지원 등을 받으려는 자는 전문인력 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖추어 과학기술정보통신부장관에게 전문연구사업자로 신고하여야 한다.

신고 요건(시행령 제5조):

• 전문인력: 석사 학위 이상 또는 연구경력 3년 이상 연구원 1인 이상
• 연구 공간: 전용 연구공간 보유
• 연구활동 계획: 특정 분야 연구산업 수행 계획

신고 유효기간은 3년 (제6조⑤)이며, 갱신 가능합니다.

세금 구조

개인사업자의 연구용역 수입은 사업소득으로 처리됩니다.

소득세법 제19조①: 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (13호) 전문, 과학 및 기술서비스업에서 발생하는 소득

종합소득세 세율 (2024년 기준):

주의: 개인사업자 대표자는 본인에게 급여를 지급할 수 없습니다. 이익 전액이 대표자의 사업소득이 됩니다. 과제비에서 "인건비"로 계상하더라도 세법상 이중공제가 허용되지 않습니다. (05챕터 참조)

개인사업자 장단점 요약

장점:

• 설립 절차 간단 (사업자등록증 발급만으로 시작 가능)
• 회계 의무 상대적으로 단순
• 소규모 과제(연간 1억~2억 미만) 시 법인 대비 총세부담 유사 또는 유리
• 손실 발생 시 타 종합소득과 합산 공제 가능

단점:

• 전문연구사업자 신고 필수 (요건 충족 및 유지 의무)
• 대표자 인건비를 과제비에서 별도 계상하기 어려움
• 주관기관 신청 시 신용도·담보 능력 제한
• 법인 대비 외부 투자 유치 어려움

주식회사 경로

연구개발기관 자격 취득

국가연구개발혁신법 제2조③사목: 「상법」 제169조에 따른 회사

주식회사는 설립 즉시 연구개발기관 자격을 가집니다. 별도 신고·등록 불요.

법인 등기 완료 → 사업자등록 → 과제 신청 가능.

세금 구조

법인의 연구 용역 수입은 법인소득으로 처리됩니다.

법인세 세율 (2024년 기준):

법인은 대표자에게 급여를 지급할 수 있고, 이를 법인 비용으로 처리합니다. 동시에 과제 인건비로 계상도 가능합니다. (05챕터 상세)

대표자 총 세부담 예시 (연매출 1억 기준):

단순 세율만 비교하면 초기에 개인사업자가 유리할 수 있으나, 과제 인건비 계상 가능 여부를 고려하면 법인이 실질 순이익 측면에서 우위일 수 있습니다.

주식회사 장단점 요약

장점:

• 별도 신고 없이 연구개발기관 자격 취득
• 대표자 급여를 과제 인건비로 계상 가능 (05챕터)
• 주관기관 신청 시 신용도 유리
• 투자 유치·지분 구조 활용 가능
• 기관부담연구개발비 면제 조건 충족 시 매칭펀드 없이 과제 수행 가능 (03챕터)

단점:

• 설립 비용 (법무사 수수료·등기 비용 수십만~100만원대)
• 매년 법인세 신고 (세무사 비용 발생)
• 상법상 주주총회·이사회 운영 의무

유한책임회사 경로

상법 제287조의2에 따른 유한책임회사는 주식회사보다 설립·운영이 간단합니다.

소규모 1인 주문연구기관에는 유한책임회사가 주식회사보다 운영 부담이 적습니다.

형태별 의사결정 가이드

아래 조건에 따라 적합한 형태를 선택하세요.

연간 예상 매출 1억 미만 AND 과제 위탁 수탁만 예정?
├─ YES → 개인사업자 + 전문연구사업자 신고 검토
└─ NO ↓

과제 직접 주관 OR 인건비 계상 OR 투자 유치 계획?
├─ YES → 법인 설립 필요
│         운영 단순화 원하면 → 유한책임회사
│         투자 유치 계획 있으면 → 주식회사
└─ NO → 개인사업자 가능 (단, 전문연구사업자 신고 후)

전환 타이밍

개인사업자로 시작했다가 법인으로 전환하는 것도 가능합니다. 다만:

• 사업 양도 방식: 개인사업자가 보유한 자산(특허 포함)을 법인에 양도 또는 현물출자
• 계약 승계: 기존 과제 계약은 주관기관과 협의 후 변경 가능
• 전환 시점: 과제 수행 중 전환은 협약 변경 절차 필요 — 과제 시작 전 결정이 이상적

일반적으로 과제 수주 규모가 연간 1억을 초과하거나, 직원 채용이 예상되면 법인 전환이 유리합니다.

자주 묻는 질문

Q. 1인 법인도 연구개발기관으로 인정받나요?

네. 1인 주식회사 또는 1인 유한책임회사도 상법 제169조에 따른 "회사"에 해당하므로, 국가연구개발혁신법 제2조③사목에 따라 연구개발기관 자격을 가집니다. 단, 과제 신청 시 부처별 지침에서 요구하는 연구원 수·장비·공간 요건을 별도로 확인해야 합니다.

Q. 법인세가 낮으면 무조건 법인이 유리한가요?

반드시 그렇지는 않습니다. 법인 소득을 대표자가 가져가려면 급여 지급 → 근로소득세, 또는 배당 → 배당소득세가 추가 발생합니다. 실효 세부담은 소득 수준과 급여 설정에 따라 달라집니다. 일반적으로 연간 순이익 3,000만원 이하 규모에서는 개인사업자와 법인의 총 세부담 차이가 크지 않습니다.

Q. 개인사업자로 과제를 따고 나서 법인으로 전환하면 과제가 취소되나요?

과제 수행 중 법인 전환은 주관기관·전문기관에 협약 변경 신청을 해야 합니다. 법인 전환 자체가 취소 사유는 아니지만, 협약 변경 승인 전까지는 기존 사업자(개인) 명의로 과제를 유지해야 합니다. 과제 공모 전에 법인 설립을 마치는 것이 가장 깔끔합니다.

Q. 외국인도 한국에서 주문연구기관을 설립할 수 있나요?

외국인도 한국 법인(주식회사·유한책임회사) 설립이 가능합니다. 다만 국가연구개발혁신법 제16조③3호에 따라 "연구개발기관이 국외에 소재한 경우" 연구개발성과가 국가 소유로 지정될 수 있습니다. 한국 내 주소지를 가진 법인이어야 국내 소재 연구개발기관으로 인정됩니다.

체크리스트: 형태 선택 전 확인 사항

다음 챕터 안내

형태를 결정했다면 매칭펀드(기관부담연구개발비) 면제 조건을 확인하세요 → 03챕터